Kalkulačka molekulové hmotnosti proteinů

Autor: Henrick Yau
- July 21, 2026
| |

Kalkulačka molekulové hmotnosti proteinů

0
Platné

Molekulová hmotnost proteinu se vypočítá jako součet průměrných izotopických hmotností jeho aminokyselinových zbytků:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptid} \times MW_{H_2O}) \]

Kde:

  • \(n_i\) = Počet každé aminokyseliny v sekvenci
  • \(MW_i\) = Molekulová hmotnost každé aminokyseliny
  • \(n_{peptid}\) = Celkový počet peptidových vazeb
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekulová hmotnost molekuly vody (18,02 Da)

Co je kalkulačka molekulové hmotnosti proteinu?

Kalkulačka molekulové hmotnosti proteinu pomáhá určit molekulovou hmotnost proteinu na základě jeho aminokyselinové sekvence nebo složení. Také vypočítává další vlastnosti, jako je teoretický izoelektrický bod (pI), extinkční koeficient, hydrofobicita (GRAVY skóre) a čistý náboj při pH 7.

Jak používat kalkulačku

Kalkulačka nabízí několik způsobů zadávání údajů o proteinu:

  • Metoda sekvence: Zadejte sekvenci proteinu pomocí jednopísmenných kódů aminokyselin.
  • Metoda složení: Ručně zadejte počet každé aminokyseliny.
  • Pokročilé možnosti: Aplikujte modifikace, jako je acetylace, disulfidické vazby nebo terminální modifikace.

Klíčové funkce

  • Vypočítává molekulovou hmotnost v jednotkách Dalton (Da) i kilodalton (kDa).
  • Určuje teoretické pI na základě hodnot pKa aminokyselin.
  • Vypočítává extinkční koeficient pro UV absorpci při 280 nm.
  • Odhaduje hydrofobicitu pomocí GRAVY skóre.
  • Zohledňuje vlastní modifikace, jako je fosforylace, methylace a amidace.

Proč je molekulová hmotnost proteinu důležitá?

Znalost molekulové hmotnosti proteinu je klíčová pro:

  • Elektroforetickou analýzu (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identifikaci pomocí hmotnostní spektrometrie.
  • Purifikaci proteinů a chromatografii.
  • Strukturální a funkční studie.

Často kladené otázky

Jak se vypočítává teoretické pI?

Izoelektrický bod (pI) je pH, při kterém protein nemá žádný čistý náboj. Vypočítává se pomocí Hendersonovy-Hasselbalchovy rovnice:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Co je extinkční koeficient?

Extinkční koeficient se vypočítá pomocí počtu zbytků tryptofanu (W), tyrosinu (Y) a cystinu (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Jak kalkulačka zpracovává modifikace?

Kalkulačka umožňuje aplikovat různé posttranslační modifikace, které se přičítají nebo odečítají od molekulové hmotnosti proteinu.

Co je GRAVY skóre?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY) skóre je mírou hydrofobicity proteinu. Vypočítává se jako:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropatie_{AA} \times n_{AA})}{Celkový\ počet\ aminokyselin} \]

Proč je do výpočtu zahrnuta molekula vody?

Každá tvorba peptidové vazby vede ke ztrátě jedné molekuly vody, takže celková hmotnost je odpovídajícím způsobem upravena.

Závěr

Kalkulačka molekulové hmotnosti proteinu je cenným nástrojem pro výzkumníky a studenty biochemie a molekulární biologie. Ať už analyzujete strukturu proteinu, provádíte experimenty nebo interpretujete výsledky, tento nástroj poskytuje základní molekulární vlastnosti rychle a přesně.